作为后明的最高军事指挥机构，大都督府的组织架构其实一直没有太大的变化。

    大都督府始创于洪武年间，然而存在的时间不长，洪武十三年，朱元璋为了分散兵权，避免“权臣握兵之害”，改大都督府为前、后、左、右、中五军都督府。

    不过后明世祖又将之改回去了，这是为了提高指挥效率，复设了经过全新设计的大都