既然决心成为枭雄，那就必须铁血无情。杀死了自己的两个叔父诺颜乌巴什布颜布尔罕后，苏勒坦立即命心腹罗卜藏那日松率军接管了二人的部众，又命人将叔父的家眷流放到铁门关。
自觉坐稳了大台吉的宝座，十三岁的少年便想飞了，他要改革，想以大明朝的官制改革蒙古。
大明朝的官制好！以内阁为最高行政机构，下设六部（吏户礼兵刑工）三府（五军都督府宗人府詹事府）五寺（大理寺太常寺光禄寺鸿胪寺太仆寺）两监（国子监钦天监）一司（通政使司）三院（翰林院都察院太医院）；地方设省府县三级，各省设三使司衙门，其上又有总督巡抚。
然而，路漫漫其修远兮，改革会触犯蒙古诺颜们的利益。这些诺颜在自己的领地都是土皇帝，个个有兵，弄不好便会激起反叛，狼烟四起。
治大国若烹小鲜，苏勒坦懂得这一点。先是造势，让手下大力鼓吹恢复大元旧制。明朝的官制来源于元朝，最大的不同是罢宰相职，以内阁代之；地方上则将五花八门的中书省宣慰使司诸路万户府诸路总管府散府诸州诸县诸军简化为省府县三级。所谓恢复大元旧制，其实是披着羊头卖狗肉，要搞大明朝的那一套。
卫拉特的官制从北元演化而来，中枢层级其实已经有了与大明类似的职能，比如，图什墨尔相当于阁臣，扎尔固齐相当于六部之长；关键在于地方，大大小小的诺颜掌控着地方军政大权，中央对地方的掌控力弱。
不过，造势归造势，苏勒坦并没有急着向各地的鄂托克派出官员，将诺颜们的权力收归中央。而是雷声大，雨点小，仅在大台吉的直属领地试行改革。自己的领地，想怎么改便怎么改，谁也说不出什么。
先改革中枢。设置内阁，以三位图什墨尔（参决政事之臣）：巴图和坦铁钼尔那苏图为阁臣，巴图和坦为首辅，铁钼尔为次辅；又设吏户礼兵刑工六部，将原先的三名扎尔固齐增补为六人，各管一部，称尚书；其余官员皆仿明制，不过因为人口较少，很多官职暂未设立。
蒙古人习惯了旧制，忽然冒出许多新鲜的官职来，自然有些不适应。可是因为到处都在宣传，大元朝当年就是实施的三省六部制，大台吉如今是在恢复大元旧制，谁若是反对，便是不爱大元不忠于蒙古。这么一宣传，反对的声音便小了。说到底，中枢各官本来就是大台吉的属官，大台吉改革自己王庭的官制，并没有触犯诺颜们的利益，他们自然没必要反对。很多诺颜不但不反对，反而高声称赞苏勒坦恢复大元旧制是鸿图大展志存高远。
见第一步迈得还算顺利，苏勒坦暗舒一口气，小心翼翼地推行地方层级改革。
他的第二把火烧向了自己的直属领地。裕勒都斯叉力失库车这三个府，老父亲已经改革完毕，设了知府知县等官，无需再改。剩下的便是直属牧地了。他将自己的直属牧地划分为五个鄂托克，实行军政分离，以千户长专管军事，宰桑专管民政，德木齐管司法，收楞额管税收。最大的特色便是在鄂托克内増设千户长一职掌军，取消了宰桑的军权；其次，德木齐收楞额等属官，虽然仍为宰桑属官，却由吏部考核任命。这便大大加强了中央集权。
第三把火按说应该烧向辉特部内的鄂罗哩克纳木占阿勒达尔额尔克等台吉。在各自的鄂托克内，他们既担任着宰桑，又掌管着军事，还可以任命德木齐收楞额等属官，权力太大，容易尾大不掉！
可真要动手时，苏勒坦却犹豫了。这些台吉可不好惹，逼急了是要率兵造反的。思来想去，决定温水煮青蛙慢慢来，仍让他们兼任宰桑千户长二职，只将鄂托克内的税收权司法权收回。规定鄂托克内的司法官（德木齐）收税官（收楞额）不再由宰桑任免，而是由吏部任免。为了安抚这些诺颜，又规定这些台吉可以世代担任各自鄂托克的宰桑千户长二职。
忙完这些，便开始完善军制。军队是苏勒坦的命根子，一定要改革，使其适应战争的需要。如今的卫拉特军制，仍然维持着成吉思汗时代的老传统。军队多由各爱玛克鄂托克的诺颜们在战时临时征召。因为缺少常备军，所以军队的训练不足。好在蒙古勇士自幼在马背上长大，他们的勇猛彪悍弥补了训练不足的缺点。
征服了叉力失库车二府，又荡平了内乱，如今自己的属民达到了三十多万，是时候建立一支常备军巩固统治了。有兵才能做王嘛！
苏勒坦的剑眉微颤，下定了决心。
他宣布建立一支一万人的禁卫军，驻守各处要地。十人为什，设十户长；三什为队，设三十户长副三十户长；三队百人为哨，设百户长副百户长哨镇抚（军纪官）；三哨为总，设都百户副都百户总镇抚；三总千人为营，设千户长副千户长营镇抚；三营为旗，设都千户副都千户镇抚使粮秣转运使（六品，管文书辎重）；三旗万人为镇，设万户长副万户长都镇抚使都粮秣转运使。
为了增加蒙古人的认同感，他以成吉思汗的怯薛军来为这支禁卫军命名，并自任怯薛军万户长。在裕勒都斯府驻扎了八千人，叉力失库车各驻扎千人。
又在裕勒都斯府编练一千步兵，在叉力失库车各编练三千步兵，每鄂托克编练一百骑兵，这些地方军队，军饷比禁卫军低，人数大约八千，统称为守备军，各设守备管辖。
忙完这些，苏勒坦大台吉总算初步完成了在辉特部内部的中央集权，巩固了自己的大台吉之位。野心勃勃的他，每日秣马励兵，准备着征服世界。